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缺乏相应的统一标准也是该行业的一大问题。国家曾发布了《药用植物及制剂外经贸绿色行业标准》等药典，但植物提取物标准仍大多由采购商提供。由于植物提取物的特性，既可以作为半成品进行进一步加工，也可以作为添加剂，因此2005年颁布的药典并未将其完全纳入药品目录，目前是根据用途来确定。

整个出口市场容量不是很大，国内市场尚未发展起来。如果国外厂商取消订单，对植物提取物的销售影响将非常明显。同时，在这个行业中，进入门槛的资金和技术壁垒也并不高，虽然几个较大规模公司有各自特色产品，但是随着业务的开拓，竞争必然会越来越激烈。以莽草酸为例，天津尖峰虽然产量不如莱茵生物，但据称毛利率高于后者。而达菲所有者瑞士罗氏公司的网站上显示，中国原料由陕西嘉禾植物化工有限责任公司提供。

同样让人担忧的还有植物提取行业所带来的环境问题。在生产过程中排除的污染物目前还多是简单处理，比如填埋等。随着对环境保护要求的提高，治污成本必然会加大，向上挤压利润空间。控制资源的能力将成为企业持续发展的关键因素之一。

这些已经在莱茵生物身上开始发生作用。其2010年中报显示，营业收入同比－22.47%，营业利润－290.97%，利润总额－222.7%，净利润－247.47%，每股收益－250%。

截止到2010年三季度末，莱茵生物营业利润亏损126.7万元；每股收益为-0.08元。净利润亏损102.6.万元。莱茵生物在三季报中预计2010年度业绩亏损1300万元～1800万元。而其中报还显示力争亏损不超过800 万元。

10月27日，公司股东蒋安明通过深圳证券交易所大宗交易系统出售股份500万股，占公司总股本的3.86%，成交均价为32.94元，成交金额16，470万元。此前，从2009年11月到2010上半年，副董事长姚新德已经套现1.34亿元。

2010年莱茵生物三季报显示，公司前十大流通股股东中，第一大股东、董事长秦本军及其一致行动人蒋安明每人持有莱茵生物965万可流通股，各占总股本的7.45%。第三大股东持有26万股，剩余其他大股东每人持股均不足17万股。