教育部120亿预算未细化到具体项目

教育部2009年部门预算中，研究生培养机制改革等6个项目的支出共120亿元年初未细化到具体项目。2009年9月至11月，教育部才逐步细化项目，并报经财政部批复后下达到执行单位。

科技部19.8亿元项目预算未进行细化

科技部归口管理的国家高技术研究发展计划项目2009年预算中，有198 417.5万元年初未细化到具体单位和项目，影响当年资金使用和预算执行进度。

工信部以拨代支项目资金2.54亿元

2009年，工业和信息化部在将“车辆企业及产品准入管理”等85个项目协议委托相关单位承担时，未按进度付款，而是将项目经费共计2.54亿元一次性支付给承担单位，并在会计记账时直接计作支出。

公安部接受不符规定的发票报销工程款1877.49万元

2006年和2009年，公安部两次收到“丰台住宅楼”项目负责人提供的开票单位与发票领购单位不符的发票，并据此报销工程结算款1804.49万元；2009年，公安部收到“应急储备物资仓库中央直属总库室外土石方工程”项目负责人提供的开票单位与发票领购单位不符的发票1张，并据此报销工程结算款73万元。

财政部6522.78万预算申报不规范

财政部2009年部门项目支出预算中，有11个项目无申报文本，涉及金额2947.20万元；追加的投资评审中心业务费、治理“小金库”专项等6个项目预算共计3575.58万元，未履行相应申报程序和填写项目申报书、预算明细表、可行性报告等资料。

人力资源社会保障部违规票据报账1915.26万元

2006年至2009年，人力资源社会保障部作为报账凭证的发票中，有不合规定的发票11张，报账金额合计258.31万元，其中2009年156.29万元；开票单位与实际收款单位不一致的发票报账金额合计1493.82万元，其中2009年195.85万元。

测绘局3.5亿元年中追加预算未批复
2007年和2009年，财政部年中追加测绘局的测绘生产性项目预算分别为1亿元和2.5亿元，但该局未批复到具体项目单位，造成相关单位项目执行无预算。

光明日报社少计收入4563.38万元

2007年和2009年，光明日报社收到财政部拨付的政策性补贴中，有4400万元计作“资本公积”、“专项应付款”等，造成少计财政补贴收入，其中2009年少计3200万元。

三峡办所属单位收入4024.94万元未纳入部门预算

在三峡办2009年度部门预算中，未包括所属机关服务中心等4个自收自支事业单位的收支情况。这4个单位当年收入4024.94万元、支出3367.98万元。

国资委少计收入336.13万元

截至2009年底，国资委仍将原国家经贸委2000年至2002年取得的各类专项款111.13万元、2007年和2008年取得的项目管理费225万元（其中项目管理费已支出92万元），均在“暂存款”科目记账，由此造成少计收入336.13万元、支出92万元。