环境保护部：收入731.50万元未纳入预算管理

2009年，环境保护部牵头主办在华召开的两次国际会议时，会议收入731.50万元由承担会议业务的公司核算，未纳入预算管理，收支结余共计656.4万元也未按规定及时上缴财政。

交通运输部：欠缴港口建设费12.85亿元

截至2009年底，18家港口建设费代征代管单位已收取的港口建设费有12.85亿元未上缴交通运输部。

南水北调办：提前申报财政专项预算580万元

南水北调办在编报2007年度和2009年度部门预算时，就分别以新办公楼办公设备购置、装饰的名义申报，并经财政部批复专项预算共计580万元，2009年底结余491.19万元。

商务部：本级收入5113.79万元未按规定核算管理

截至2009年底，商务部将收取的房屋拆迁补偿款1363.34万元和委托代收代管的部分结转工程款、供暖费等3750.45万元，分别存放在所属机关服务局及该局下属鑫扬物业管理发展有限公司使用，未按规定纳入本级账户核算管理。

审计署：7593.27万元结转资金未列入预算

2009年，审计署共动用上年财政拨款结转资金7663.27万元，用于金审工程等项目跨年度执行所发生的支出。其中，由于金审工程等项目预算2008年追加较晚，以及部分项目预算因延期支付等在2008年未能如期执行，有7593.27万元结转资金未列入2009年年初部门预算。

食品药物监督管理局：扩大范围支出2166.96万元

2009年，食品药品监管局在5个项目经费中列支685.62万元，用于支付机关办公楼物业费和职工餐费等；所属药品审评中心、医疗器械技术审评中心和国家药典委员会等3个单位在4个项目经费中列支1481.34万元，用于人员工资、津贴补贴和奖金等支出。

宋庆龄基金会固定资产1923.82万元未纳入法定账簿内核算

宋庆龄基金会2003年支出1879.41万元购买的机关办公用房，所属宋庆龄故居管理中心2003年支出25.33万元购置的一部车辆、2009年支出19.08万元购置的厨房设备和空调等固定资产，均未纳入法定账簿内核算。

卫生部扩大范围支出181.77万元

2009年，所属中国医学科学院基础医学研究所从科研项目经费中列支181.77万元，用于研究生生活补贴支出。

文化部扩大范围支出1578.76万元

在全国非物质文化遗产保护工程项目中安排补助地方支出310万元。所属民族民间文艺发展中心在戏曲资源、民间文学数字化等项目中列支75.05万元，用于其他项目；中国艺术研究院在基本科研业务费项目中列支日常公用支出332.62万元，在中国与世界当代艺术对话研展系列工程项目中列支公用支出365.09万元。

文物局扩大范围支出1665.01万元

2009年，文物局列支给所属文物出版社拨款100万元、补助地方支出120万元和其他项目支出1074.39万元；所属中国文化遗产研究院和中国文物报社分别将项目资金285.62万元和85万元用作公用经费支出。

邮政局接受虚假发票报账139.30万元

2007年12月至2010年2月，邮政局及所属北京国邮科讯科技发展有限公司，接受北京九智管理咨询有限公司开具的7张发票并据以入账。经鉴定，上述发票为虚假发票，涉及金额139.30万元，其中2009年70.30万元。