更受质疑的是环保署署长的官阶变动。2007年5月3日，获得连任的行政长官曾荫权公布重组政府架构方案，并于7月1日起正式运作。作为本次重组中的一个细节，环境局常任秘书长兼任环保署署长。政府向立法会解说，因改组后的环境局兼管能源事务，故有必要将署长一职的官阶调升。

有立法会议员质疑，环境局常任秘书长兼任环境保护署署长，改变了过往专业职系员工担任部门首长的状况，令该位置只会由政务官出任。

立法会议员余若薇对本报直言：“过去环评报告是给专业人士看的，署长作为专业把关人看环评报告并最终决定是否发许可证，这是合理的。2007年环保署署长职位升级后，变成政务官掌位。政务官受政治风险影响大，都是为政府决策说话。”“如果环评不能通过，大桥的建设就要延迟。署长能担当得起吗？”余若薇质疑。

黄鹤鸣表示，工程的倡议人可以是开发商也可以是政府。当政府作为倡议人的时候，由政府机构做环评意见及审批，政府难免于“既任球员又当裁判”的嫌疑。

影响未了

该案的判决为环评树立了一个新原则，对香港未上马工程有重要影响。

其中一例即是引起巨大争议的焚化炉选址问题。

香港政府拟于屯门曾嘴建设焚烧发电厂，后因屯门居民强烈反对而增加离岛石鼓洲选址。今年2月，环咨会未按惯例选出最佳地址，反而同时通过两个焚化炉选址环评。该次环评被诟病为“标榜科学专业的环评一次彻底破产”。相关评论指出，石鼓洲有大量江豚出没，也是白腹海雕的繁殖地，但环评报告却以白腹海雕“机动性高”、“选址外也有其他相似的生境”等含糊措辞把生态问题带过。

香港方面也有人担心港珠澳大桥一案具体将带来一些负面影响。

屯门区议员陈树英在得知港珠澳大桥的判决后就担心，环境评估的是对环境的影响程度，有可能导致这个地方环境越差就越容易通过评估。

她举例：“比如一个地方本来的空气质量是A，评估之后是D；而屯门的环境本来就是B，评估之后也是D，那么肯定会选屯门了。那就导致环境越差的地方越来越差。”

不过，像朱绮华一样提请司法复核暂时未在屯门的打算当中。陈树英表示，假如政府决定选址屯门，他们先将争取在立法会上否决政府拨款。“支持屯门反对焚化炉的议员在立法会有多数席位，不太可能通过这个拨款。如果拨款通过了，我们再考虑进行司法复核。”陈树英说。

离岛区议员翁志明也表示，长洲居民大部分人反对于石鼓洲兴建焚化炉，但暂未决定会否采取法律行动，因为牵涉庞大诉讼费用。

无论如何，正如一些专业人士所批评的，香港的环评有漏洞，导致一些问题最终要摆上立法会或法庭才能得以解决。

法庭裁决对申诉双方来说成本都不低。政府在港珠澳大桥搁置问题上有两条路可走，一是上诉，二是重新做环评。环咨会环评小组前主席吴祖南表示，对工程进度影响最小的是第二种方式，预料2至3个月可以完成，随即便可向环保署申请许可证。若过程顺利，最快可于半年内过关。

对于市民来说，申请申诉的风险也很大，陈树英表示，即使申请法律援助也免不了经济花费，她本人申请过一次，花了7万港元。