随后新东方又采取了一段时间所谓的系统管理。系统管理即将新东方的业务分为不同系统，由不同的副总裁来主管。比如陈向东负责短期语言培训系统——它囊括了新东方学校中几乎所有的培训项目，因此也是整个新东方利润的最重要组成部分；周成刚负责新东方集团的职能部门以及出国咨询公司、图书公司等学校之外的产业。提出抗议的是陈向东。“不管是项目部门还是全国的校长，都向我汇报。我跟俞老师说，这个压力太大了。如果以后机制再不优化，我是真的承受不了了。”在2007年和2008年，他每年都要飞100多次。

于是，包括俞敏洪、周成刚和陈向东在内的新东方高层管理者又开始重新讨论管理架构的问题。“后来俞老师征求了很多意见，也和董事会沟通，提出一个方案，说矩阵化管理可能相对较好。”讨论了一个月之后，总裁办公会的成员俞敏洪、周成刚、陈向东、沙云龙、汪海涛、李国富一起在北京郊区开了一整天的会，等到晚上在农家乐吃饭时，已经确定下来，陈向东负责矩阵中41个学校的管理，周成刚负责纵向的各个项目的管理（其中一些明星项目包括北美项目、泡泡少儿英语项目和优能项目），俞敏洪统筹整体工作并且负责教育培训业务之外的产业板块。

目前这种管理结构可以被概括为：陈向东 （他在11月9日刚刚被任命为执行总裁）负责横向的41所学校的管理，周成刚负责纵向的项目管理；他们向俞敏洪汇报；由他们参与的、俞敏洪领导的总裁办公会是所有重大决策的决定机构；而周成刚和陈向东则分别通过自己组建的项目管理办公室和学校管理部门来行使自己的管理职权。

“项目部和学校之间的关系，就像是政府的部委和各个省之间的关系。”周成刚解释说。但是在新东方的特殊之处在于，从新东方成立一直到现在，正如新东方北京学校的副校长王海波所说：“新东方最重要的细胞是学校。”校长一直是拥有巨大自治权力管理者；校长能力强，新东方的整体营收和利润则多。

实行新的矩阵管理模式之后，暴露出的就是新东方一直以来总部和学校不对称成长的问题。具体而言就是，尽管总部的项目总监和一个地方的学校校长在管理级别上是平等的，但是项目总监对自己所管理的学校项目主任的约束力，要小于该项目主任所在学校的校长对其的约束力。原因在于：每个学校的校长都拥有管辖学校的人事任命权，因此，项目主任都是校长任命制；每个学校的校长也都拥有对自己管辖学校的员工的薪水发放和制定权。

新东方北美项目部的总监张宏伟说，一个项目总监的职责包括：教学教研上对各个新东方学校该项目的支持；对教师的培训和指导以及大型的无法由单个学校来发起和组织的活动。这几项职责也表明了，矩阵之中，项目部和学校之间的关系更多的是一种支持和监督的关系。项目总监因此缺乏对各分校项目主任的有效约束。

因此，对于一个项目总监来说，他/她应该相应具备的能力就包括自身在教学和科研上的能力、管理能力和有效沟通能力。对于几乎都是从老师出身的项目总监而言，第一项能力他们都不缺乏。张宏伟自己本就是一位GRE和雅思的明星教师。他在北京新东方学校负责GRE和雅思项目时，每年创造1亿-2亿的营收。新东方另一个重要的明星项目泡泡少儿英语的总监、助理总裁谢琴则是这一项目的创办人。